Лотяну родился в селе Клокушна, нынешнего Окницкого района Молдовы. Его режиссерским дебютом стала картина "Ждите нас на рассвете". Настоящую славу ему принесла эпопея о жизни цыган начала 20-го века - фильм "Табор уходит в небо", в котором главные роли сыграли Светлана Тома и Григоре Григориу.
Эмиль Лотяну снял больше 20 картин, а его фильмы "Лаутары", "Мой ласковый и нежный зверь" и "Анна Павлова" были отмечены наградами самых престижных международных кинофестивалей.
Эмиль Лотяну сам писал сценарии для своих фильмов, сочинял прозу и стихи. В последние годы жизни он занимался театральными постановками. Известный кинорежиссер скончался 18 апреля 2003 года в Москве. В Кишиневе именем Лотяну был назван центральный столичный кинотеатр.